Microbial Biodiversity and Functionnal Adaptations (BioADAPT)

Leader : David BIRON

The main results of the team BioADAPT, whose researches aim to understand the ecological and physiological mechanisms underlying microbial processes in aquatic ecosystems, are part of theoretical ecology, functional ecology and of applied ecology. Some outstanding results of the past five-year period are on the following topics : (i) the extracellular metabolisms, (ii) the link between physiological preferenda and biogeographical patterns, (iii) the role of parasitism on the dynamics of host communities, (iv) the stress responses and (v) the production of key metabolites by microorganisms.

The originality and ambition of our research project are to bring new knowledge by decrypting at spatial and temporal scales in aquatic ecosystems, the (i) role of parasitism, (ii) the metabolic and functional diversity, and (iii) the flexibility and versatility of microbial metabolisms within the general framework of the understanding and prediction of the dynamic properties of an ecosystem in terms of homeostasis (stability), resistance and resilience.



 

Animateur : David BIRON


Les travaux de l’équipe BioADAPT concernent principalement l’étude de la diversité et de la structure des communautés microbiennes autotrophes, mixotrophes et hétérotrophes (archées, bactéries, protistes, champignons) et des virus, ainsi que leurs rôles dans les cycles biogéochimiques, et, plus généralement, dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Les principaux facteurs de régulation ascendants et descendants de ces communautés sont considérés, dans le cadre d’approches pluridisciplinaires (écologie microbienne, chimie, géochimie, etc.) qui associent des travaux en laboratoire et des investigations in situ. En outre, les approches conceptuelles et méthodologiques mises en œuvre prennent en compte les différents niveaux d’intégration biologiques considérés, du gène à la communauté.

Les travaux portent, principalement, sur les compartiments oxiques et anoxiques des milieux lacustres et un accent particulier est mis sur les communautés microbiennes de la zone profonde d’un lac méromictique, le lac Pavin.

Plus généralement, les communautés microbiennes aquatiques sont retenues ici comme représentant un modèle pertinent pour l’étude des relations entre la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes.
Ces études sont conduites dans le cadre de projets régionaux, nationaux et internationaux. Enfin, ces recherches ont vocation à s’appliquer dans le domaine de la gestion des ressources naturelles (ATHOS) notamment au travers des biotechnologies (AFYREN).