Conférence de Arthur Monjot

Au cours des dernières décennies, notre compréhension de la diversité microbienne dans l’environnement a beaucoup progressé notamment avec l’avènement des méthodes de séquençage de nouvelle génération et les approches « -omics ». Leur application a notamment permis de s’affranchir des approches de mise en culture ne contribuant qu’à une évaluation partielle et orientée de la diversité microbienne. En permettant une description exhaustive des espèces présentes dans un écosystème, ces nouvelles méthodes ont révélé une diversité considérable et insoupçonnée d’eucaryotes unicellulaires. Elles sont toutefois essentiellement descriptives et ne permettent en aucun cas de déterminer la physiologie ni de comprendre le rôle de ces microorganismes dans les écosystèmes. Enfin, ces approches de séquençage haut débit conduisent à la production d’une quantité colossale de séquences environnementales dont la majeure partie reste inconnue.

Dans ce contexte, mes travaux combinent « -omics » et approches guidées par les données (étude de traits morpho-physio-phénotypiques, réseaux de similarité de séquences protéiques), afin de relier diversité et fonction des communautés microbiennes en milieux lacustres et littoraux. En parallèle, l’étude de l’ADN ancien extrait des sédiments offre une perspective temporelle permettant de retracer les dynamiques de ces communautés sur plusieurs décennies (voire siècles), et de documenter l’impact des pressions anthropiques et climatiques. Des carottes sédimentaires prélevées le long des côtes européennes et en nouvelle Calédonie révèlent l’effet combiné d’activités humaines telles que l’aquaculture, l’urbanisation, l’industrialisation, l’extraction minière et les pratiques agricoles intensives sur la biodiversité locale. Elles permettent également de tester l’érosion de la biodiversité, les trajectoires convergentes des communautés et la dynamique des espèces non indigènes.

Ce séminaire présentera donc une partie de mes thématiques de recherche visant à proposer un panorama intégratif des communautés d’eucaryotes microbiens aquatiques, en combinant analyses fonctionnelles et approches paléogénomiques pour mieux comprendre comment les pressions environnementales et anthropiques façonnent la biodiversité microbienne au fil du temps.