Laboratoire Microorganismes : Génome Environnement

UMR 6023 CNRS / UCA
- Adresse :
- UFR de Pharmacie / UFR de Médecine et des Professions paramédicales
TSA 50400
28, Place Henri Dunant
63001 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- 0473407869
- Sur Internet :
- lmge.uca.fr
- Adresse :
- Campus Universitaire des Cézeaux
TSA 60026 - CS 60026
1, Impasse Amélie Murat
63178 AUBIERE
- Tél :
- 0473407869
- Sur Internet :
- lmge.uca.fr
- Adresse :
-
100, Rue de l'Egalité
15000 AURILLAC
- Tél :
- 0473407869
- Sur Internet :
- lmge.uca.fr
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Didier DEBROAS
- Directrice Adjointe
- Corinne PETIT
- Gestionnaire d'unité
- Nathalie FRUQUIERE nathalie.fruquiere@uca.fr
Composition équipe ( effectif total : 112 )
- ARCHIMBAUD Christine -
- AUMERAN Claire -
- HENQUELL Cecile -
- MIRAND Audrey -
- ROBIN Claire -
- SOUWEINE Bertrand -
- TRAORE Ousmane -
- AGUER Jean Pierre -
- ARTIGAS ALEJO Joan -
- BAILLY Jean Luc -
- BALESTRINO Damien -
- BATISSON Isabelle -
- BEC Alexandre -
- BEIER Sara -
- BELKORCHIA Abdel -
- BLOT Nicolas -
- BONNET Jean Louis -
- BOUCHARD Philippe -
- BRONNER Gisele -
- CARRIAS Jean Francois -
- CHARPIN Marie Francoise -
- DEBROAS Didier -
- DELBAC Frederic -
- DESVILETTES Christian -
- DIOGON Marie -
- DUBUFFET Aurore -
- EL ALAOUI Hicham -
- ENAULT Francois -
- FAURE Catherine -
- FORESTIER Christiane -
- GUEIRARD Pascale -
- JOUAN Isabelle -
- KOUSSOROPLIS Apostolos Manuel -
- LATOUR Delphine -
- LEHOURS Anne Catherine -
- LEPERE Cecile -
- MALLET Clarisse -
- MARY Isabelle -
- MIQUEL Sylvie -
- PEYRETAILLADE Eric -
- POLONAIS Valerie -
- RAVET Viviane -
- TEXIER Catherine -
- VAREILLE DELARBRE Marjolaine -
- VIVARES Christian -
- BREBION Amelie -
- REGAGNON Christel -
- AMATO Pierre -
- ANGIA SRIRAM Pradeep Ram -
- BRICHEUX Genevieve -
- PETIT Corinne -
- SIME NGANDO Telesphore -
- COLOMBET Jonathan -
- FADHLAOUI Khaled -
- WAWRZYNIAK Ivan -
- BARDOT Corinne -
- BILLARD Hermine -
- CHARVY Jean Christophe -
- COURTINE Damien -
- DONNADIEU BERNARD Florence -
- FLOQUET Clement -
- FRUQUIERE Nathalie -
- LE JEUNE Anne Helene -
- MONE Anne Isabelle -
- PERRIERE Fanny -
- PICARD Michael -
- VERGNE Antoine -
- BEAUDONNAT Stephanie -
- BISSEUX Maxime -
- CARRIER Sebastien -
- CHARBONNEL Nicolas -
- DELVAL Marie Patricia -
- GUYOT Samuel -
- JUGIE Gwendoline -
- LESOBRE Jerome -
- LYONNET Valerie -
- OLLIVIER NAKUSI Laurence -
- PORTELLI Christophe -
- SCHEEPERS Mailysia -
- SERRE Floriane -
- SIMON Isabelle -
- ARQUE Maxime -
- BAKYONO Belele -
- BOUQUET Clementin -
- CARRIERE Eugenie -
- CHARBONNIER Hugo -
- CHARRIER Fanny -
- CHEUVART Noemie -
- COMBES Lea -
- CREUZET Elisa -
- DIEUDE Pascaline -
- DONNADIEU Sarah -
- ENSMINGER Lucas -
- ESCURA Marine -
- FIGUIGUI Karima -
- FOUREL Laura -
- FRIZOT Nathan -
- KAUR Manjyot -
- LALLOUE Pierre-Louis -
- MASSIT Caroline -
- MATHIEN Clementine -
- MATHONAT Frederic -
- MOLLARD Emilie -
- PERRUCHE Ophelie -
- VIDAL Magali -
- BOUQUET Clementin -
- CHABROLLES Helene -
- CREUZET Elisa -
- GOSSET Cecile -
- HABANJAR Ola -
- PERRUCHE Ophelie -
- SCHIAVONE Nicola -
Equipes
- BioADAPT, Biodiversité microbienne et adaptations fonctionnelles , Marie Francoise CHARPIN
- CMES, Communautés microbiennes : écotoxicologie-santé , Christiane FORESTIER
- EPIE, Epidémiologie et physiopathologie des infections à enterovirus , Jean Luc BAILLY
- IHP, Interactions hôtes-parasites , Frederic DELBAC
- IRTA, Interactions dans les réseaux trophiques aquatiques , Christian DESVILETTES
- MEB, Génomique environnementale et bioinformatique , Cecile LEPERE
Thèmes de Recherche
Invisibles à l’œil nu, les microorganismes représentent pourtant la plus grande partie de la diversité du monde vivant et des fonctions biologiques qui assurent l’évolution de la vie sur notre planète. Seule la connaissance des relations entre changements environnementaux et changements de la diversité des communautés de microorganismes peut permettre, à terme, la maîtrise des processus microbiens qui gouvernent le fonctionnement et la pérennité de notre environnement. Au sein du laboratoire (UMR CNRS 6023), plus de 110 chercheurs, enseignant-chercheurs, praticiens hospitaliers, ingénieurs, techniciens et contractuels, répartis dans 6 équipes de recherche, travaillent actuellement sur les microorganismes procaryotes et eucaryotes (Archées, Bactéries, Protistes, Champignons), ainsi que sur les virus, depuis les aspects moléculaires et cellulaires jusqu’aux rôles de ces organismes dans les écosystèmes. La spécificité du laboratoire consiste à associer, au sein d’une même structure, des compétences au niveau de la génomique et de la post-génomique d’une part, et au niveau de la biologie des populations et des écosystèmes et de l’écologie, d’autre part. Une autre spécificité de l’unité réside dans son positionnement renforcé à l’interface environnement – santé, ce qui lui permet de mener des recherches liées aux enjeux scientifiques émergents dans le domaine de l’écologie de la santé. Notre démarche vise donc à rapprocher génome, environnement et santé, en mettant les concepts et les outils de génomique et de post-génomique au service de questions scientifiques ayant trait au fonctionnement des écosystèmes et à l’écologie de la santé. La stratégie scientifique de l’unité est construite autour de 3 grands domaines scientifiques : (i) parasitisme et écosystèmes microbiens, (ii) écologie trophique et fonctionnelle, (iii) écologie de la santé et écotoxicologie. Plus précisément, les microorganismes sont étudiés en tant que acteurs essentiels (i) dans le fonctionnement des écosystèmes (notamment aquatiques et terrestres) sous forçage naturel et/ou anthropique, (ii) dans l’analyse des risques liés à l’introduction de contaminants biotiques et abiotiques, et (iii) comme sources de maladies infectieuses en lien avec des problématiques environnementales (nosémoses d’abeilles, maladies émergentes, infections nosocomiales, présence d’entérovirus et autres pathogènes, circulation des gènes de résistance aux antibiotiques,…). Ces recherches, fondamentales, sont porteuses d’enjeux socio-économiques et biotechnologiques, dans les domaines de la gestion des ressources naturelles, des services écosystémiques et de la santé humaine et animale
Publications ( HAL )
- Increased incidence of diabetes in people living with HIV treated with first‐line integrase strand transfer inhibitors: A French multicentre retrospective study
Axel Ursenbach , Antoine Sireyjol , Cyrille Delpierre , Claudine Duvivier , Laurent Hocqueloux , David Rey , C Chirouze , K Bouiller , F Bozon , A S Brunel , L Hustache-Mathieu , J Lagoutte , Q Lepiller , S Marty-Quinternet , L Pépin-Puget , B Rosolen , N Tissot , S Jaffuel , S Ansart , Y Quintric - Bilateral vocal cord abductor paralysis associated with primary herpes simplex infection: A case report
V. Dupuch , N. Saroul , C. Aumeran , R. Pastourel , T. Mom , L. Gilain - Une épidémie à Klebsiella pneumoniae multirésistante liée à des duodénoscopies: investigation et apport d'une analyse des causes
Aumeran C. - Investigation d’une épidémie hospitalière et règles de prise en charge des cas suspects de rougeole ou d’infection invasive à méningocoque en établissement de soins
C. Aumeran , O. Baud , O. Traoré , B. Souweine - Épidémiologie et contrôle des entérocoques résistants aux glycopeptides au Centre hospitalier universitaire de Clermont-Ferrand, France, 2004-2007
Aumeran C. , O. Lesens , Baud Olivier , Richard Bonnet , Bertrand Souweine , Ousmane Traoré - Épidémiologie et contrôle d'une épidémie d'entérocoques résistants aux glycopeptides au CHU de Clermont-Ferrand
Aumeran C. , Baud Olivier , Olivier Lesens , Bertrand Souweine , Richard Bonnet , Ousmane Traoré - Particularités épidémiologiques et prévention des infections nosocomiales virales
O. Traoré , C. Aumeran , C. Henquell - Effects of Ser130Gly and Asp240Lys Substitutions in Extended-Spectrum -Lactamase CTX-M-9
C. Aumeran , C. Chanal , R. Labia , D. Sirot , J. Sirot , R. Bonnet - Evaluation of two detergent-disinfectants and a detergent on a Klebsiella pneumoniae biofilm formed within Tygon tubes
C. Noubam-Tchatat , L. Badrikian , O. Traore , C. Aumeran - Epidemiology and phylogenomics of enterovirus A71 in Europe, 2016–2022
Bélélé Siméon Bakyono , Gwendoline Jugie , Audrey Mirand , Cécile Henquell , Maxime Bisseux , Jean-Luc Bailly , Enpen Study
Production scientifique depuis 2021
- PROCEDE DE BIOMETHANATION EX-SITU - 2022