Conférence Hugo Doré

Comment se distribue la diversité au sein des espèces bactériennes ?

Les méthodes utilisées couramment pour étudier la composition des communautés microbiennes permettent de décrire l’abondance des différentes espèces, mais sont aveugles à la diversité résidant au sein de chaque espèce. Les bactéries d’une même espèce peuvent en effet posséder des génotypes différents, c’est-à-dire des allèles différents de leurs gènes ou des combinaisons d’allèles différentes. Sous l’effet des forces évolutives (sélection, dérive) et des migrations, les allèles présents dans une population peuvent varier en fréquence ou être éliminés au cours du temps.

J’étudie cette question de la distribution de la diversité intraspécifique par des méthodes de métagénomique. Je me suis en particulier intéressé aux environnements côtiers, et vous présenterai les résultats issus de deux études.

• La première concerne la structuration génétique de populations de biofilms benthiques dans un habitat naturellement fragmenté.

• La deuxième s’intéresse aux variations temporelles des populations de bactéries planctoniques à l’entrée de la rade de Brest, grâce à l’analyse d’une série temporelle inédite d’une durée de huit ans.

Dans les deux cas, les résultats obtenus révèlent des dynamiques très contrastées selon les espèces.