Corinne PETIT

Axe 1 : Génomique et post-génomique des microorganismes

Thématique de recherche : Génomique environmental et bioinformatique

  

Recherches actuelles

Mon travail actuel porte sur l’étude du "Rôle des communautés microbiennes dans le cycle du chlore au sein d’écosystèmes naturels. Il s’effectue dans l’équipe "génoMique de l’Environnement et Bioinformatique.
Le chlore est l’halogène le plus abondant dans la nature. Cependant, malgré un intérêt croissant pour cet élément depuis les années 2000, sa dynamique et son rôle écologique dans les milieux naturels sont toujours mal connus. Or, le chlore est nécessaire à toute forme de vie. Dans l’environnement, il est présent sous forme inorganique et organique ; plus de 2300 composés chlorés naturels sont aujourd’hui caractérisés. D’abord considéré non réactif dans l’environnement, le chlore est aujourd’hui connu pour intervenir dans un cycle biogéochimique complexe, étroitement lié à celui du carbone. Parmi les processus intervenant dans ce cycle, ceux impliquant des activités microbiennes sont prépondérants. Le but de notre recherche est de fournir un aperçu détaillé du cycle du chlore dans des systèmes continentaux préservés de l’activité humaine grâce à l’acquisition de données biologiques, écologiques et chimiques. Cette approche intégrée a pour intérêt de mieux comprendre i) comment les organochlorés sont produits et s’accumulent dans l’environnement, ii) quels sont les facteurs abiotiques et biotiques contrôlant les processus d’halogénation et de déhalogénation et iii) le rôle de cet élément dans la séquestration du carbone dans les écosystèmes. Ces travaux s’inscrivent dans un contexte général de préservation de l’environnement (restauration de sites contaminés, applications industrielles et santé humaine) et de développement durable (lutte contre le réchauffement climatique).
Mots clés : Microorganismes, diversité fonctionnelle, cycles biogéochimiques, écosystèmes naturels.

10.2007 : Recrutement CNRS : Chargé de Recherche 1ère classe

Laboratoire : Microorganismes : Génome et Environnement (ex Biologie des Protistes), UMR CNRS 6023, équipe Génomique intégrées des interactions microbiennes, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
 

01.2007 –10.2007 : Post-doctorat

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipe Génomique intégrées des interactions microbiennes, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « Développement de biopuces ADN phylogénétiques et métaboliques, outils haut débit pour l’étude des métabolismes et de la biodiversité présents dans l’ensemble des milieux complexes ».
Responsable : Pr. P. Peyret.
Financement : Bourse de Recherche Technologique (BRT), Région Auvergne
Mots clés : Biopuces ADN (phylogénétique et métabolique), transfert technologique, microorganismes, biodiversité, environnement, dépollution, métabolismes.
 

06.03.2006 : Habilitation à Diriger des Recherches

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « La génomique dans tous ses états : des microorganismes aux plantes supérieures ».
Rapporteurs : JF Dubremetz (CNRS, Montpellier), E Guiderdoni (CIRAD, Montpellier), G Fonty (CNRS, Clermont-Ferrand II)
Examinateurs : F Kunst (Institut Pasteur, Paris), P Perez (Biogemma), P Peyret (Université de Clermont-Ferrand I).
 

01.2006 –12.2006 : Post-doctorat

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipes « Biodiversité microbienne et fonctionnement des écosystèmes aquatiques » et « Génomique intégrées des interactions microbiennes », Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « Etude des mécanismes microbiens impliqués dans l’oxydation anaérobie du méthane en milieu aquatique anoxique et implication dans le domaine de la protection de l’environnement ».
Responsables : Dr. G. Fonty et Pr. P Peyret.
Financement : bourse régionale « Prévoir ».
Mots clés : Biopuces ADN (phylogénétique et métabolique), microorganismes, biodiversité, environnement, métabolismes, méthane, gaz à effet de serre.
 

02.2003 – 07.2004 : Post-doctorat

Laboratoire : Entreprise privée de biotechnologie végétale Biogemma (groupe Limagrain), Campus des Cézeaux, Clermont-Ferrand.
Intitulé : « Développement et Remplissage du Grain : Annotation de la collection de T-DNA et valorisation des FSTs de riz pour la Génomique Fonctionnelle des Céréales »
Responsable : Dr. W. PAUL.
Financement : projet Génoplante Riz (OsCrGF).
Mots clés : Riz, remplissage du grain, génomique fonctionnelle, bio-analyse, ARN inhibiteur, collections de mutants enhancer trap, phénotype.
 

01.2001 – 07.2002 : Post-doctorat

Laboratoire : Entreprise privée de biotechnologie végétale Biogemma (groupe Limagrain), Campus des Cézeaux, Clermont-Ferrand
Intitulé : « Changing maize grain development to provide lines better adapted to the european agricultural and commercial environment »
Responsable : Dr. P. Perez.
Financement : projet Européen MAZE (consortium FP5).
Mots clés : Maïs, remplissage du grain, génomique fonctionnelle, bio-analyse, collections de mutants d’insertion, phénotype, étude de liaison, transgenèse.
 

09.1998 – 07.1999 : Post-doctorat

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipe de Parasitologie Moléculaire et Cellulaire, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : Détermination de la séquence complète d’un gène codant pour une protéine kinésine-like d’Encephalitozoon cuniculi dans le but de caractériser son activité biologique.
Responsable : Pr. C. Vivarès.
Mots clés : Biochimie des protéines, expression hétérologue, parasite intracellulaire obligatoire, culture cellulaire.
 

12.1993 - 03.1997 : Doctorat de Parasitologie à l’Université Droit et Santé de Lille (allocataire MESR).

 : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipe de Parasitologie Moléculaire et Cellulaire, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « Sur l’organisation du génome de microsporidies de Vertébrés : caryotypes moléculaires, marqueurs chromosomiques et identification de gènes » (mention très honorable avec les félicitations du jury).
Directeur de thèse : Pr. C. Vivarès.

Bibliographie

• 2018 : Biderre-Petit C, Taib N, Gardon H, Hochart C, Debroas D. New insights into the pelagic microorganisms involved in the methane cycle in the meromictic Lake Pavin through metagenomics. FEMS Microbiol Ecol, https://doi.org/10.1093/femsec/fiy183.
• 2017 : Dugat-Bony E., Peyret P., Biderre-Petit C. New Insights into the Microbial Contribution to the Chlorine Cycle in Aquatic Ecosystems. In : Sime-Ngando T., Boivin P., Chapron E., Jezequel D., Meybeck M. (eds) Lake Pavin. Springer, Cham (doi-org.inee.bib.cnrs.fr/10.1007/978-3-319-39961-4_17).
• 2016 : Biderre-Petit C, Dugat-Bony E, Mege M, Parisot N, Adrian L, Moné A, Denonfoux J, Peyretaillade E, Debroas D, Boucher D, Peyret P. Distribution of Dehalococcoidia in the anaerobic deep water of a remote meromictic crater lake and detection of Dehalococcoidia-derived reductive dehalogenase homologous genes. PlosOne, 11:e0145558.
• 2015 : Gasc C, Ribiere C, Parisot N, Beugnot R, Defois C, Petit-Biderre C, Boucher D, Peyretaillade E, Peyret P. Capturing prokaryotic dark matter genomes. Research in Microbiology, 166, 814–830. doi:10.1016/j.resmic.2015.06.001.
• 2015 : Izquierdo AR, Vila J, Petit C, Peyret P, Koch A, Grifoll M. Microbial populations and functions associated with the degradation of aliphatic and aromatic hydrocarbon oil fractions. Journal of Biotechnology, 208:S51.
• 2014 : Hugoni H, Domaizon I, Taib N, Biderre-Petit C, Agogué H, Galand PE, Debroas D, Mary I. Temporal dynamics of active Archaea in oxygen depleted zones of two deep lakes. Environmental Microbiology Reports, 7:321-9. doi : 10.1111/1758-2229.12251.
• 2013 : Podmirseg S.M., Seewald M.S.A., Knapp B.A., Bouzid O., Biderre-Petit C., Peyret P., Insam H. Wood ash amendment to biogas reactors as an alternative to landfilling ? A preliminary study on changes in process chemistry and biology. Waste Management and Research, 2013, 31, 829-842.
• 2013 : Denonfoux J., Parisot N., Dugat-Bony E., Biderre-Petit C., Boucher D., Morgavi D., Le Paslier D., Peyretaillade E., Peyret P. Gene capture coupled to high-throughput sequencing as a strategy for targeted metagenome exploration. DNA Research, 20, 185–196.
• 2012 : Peyretaillade E, Parisot N, Polonais V, Terrat S, Denonfoux J, Dugat-Bony E, Wawrzyniak I, Biderre-Petit C, Mahul A, Rimour S, Gonçalves O, Bornes S, Delbac F, Chebance B, Duprat S, Samson G, Katinka M, Weissenbach J, Wincker P, Peyret P. Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals. Nature Communications, 3:1137 .
• 2012 : Dugat-Bony E., Biderre-Petit C., Jaziri F., David M.M., Denonfoux J., Lyon D.Y., Richard J.Y., Curvers C., Boucher D., Vogel T.M., Peyretaillade E., Peyret P. Complete TCE degradation to ethene mediated by a complex dehalorespiring community during an in situ bioremediation process, Microbial Biotechnology, 5, 642-653.
• 2012 : Lorieux M., Blein M., Lozano J., Bouniol M., Droc G., Diévart A., Périn C., Mieulet D., Lanau N, Martine Bès M., Rouvière C., Gay C., Piffanelli P., Larmande P., Michel C., Barnola I., Biderre-Petit C., Sallaud C., Perez P., Bourgis F., Ghesquière A., Gantet P., Tohme J., Morel J.B., Guiderdoni E. In-depth molecular and phenotypic characterization in a rice insertion line library facilitates gene identification through reverse and forward genetics approaches. Plant Biotechnology Journal, 10, 555-568.
• 2012 : Dugat-Bony E., Peyretaillade E., Parisot N., Biderre-Petit C., Jaziri F., Hill D., Rimour S., Peyret P. Detecting unknown sequences with DNA microarrays : explorative probe design strategies. Environmental Microbiology, 14, 356-371.
• 2011 : Borrel G ., Didier Jézéquel D ., Biderre-Petit C., Nicole Morel-Desrosiers N., Morel J.P., Pierre Peyret P., Fonty G., Lehours A.C. Production and consumption of methane in freshwater lake ecosystems. Research in Microbiology, 162, 832-847.
• 2011 : Boucher D., Laffaire J.B., Jaziri F., David C., Biderre-Petit C., Duquenne P., Peyretaillade E. and Peyret P. Bacterial community composition of biological degreasing systems and health risk assessment for workers. Microbial Ecology, 62, 868-881.
• 2011 : Biderre-Petit C., Jézéquel D., Dugat-Bony E., Lopes F., Kuever J., Borrel G.,Viollier E., Fonty G. and Peyret P. Identification of microbial communities involved in the methane cycle in a freshwater meromictic lake (Lake Pavin). FEMS Microbiology Ecology, 77, 533-535.
• 2011 : Dugat-Bony E., Missaoui M., Peyretaillade E., Biderre-Petit C., Bouzid O., Gouinaud C., Hill D. and Peyret P. HiSpOD : probe design for functional DNA microarrays. Bioinformatics, 27, 641-648.
• 2011 : Biderre-Petit C., Boucher D., Kuever J., Alberic P., Jézéquel D., Chebance B., Borrel G., Fonty G. and Peyret P. Identification of sulfur-cycle prokaryotes in a low-sulfate lake (Lake Pavin) using aprA and 16S rRNA gene markers. Microbial Ecology, 61, 313-327.
• 2010 : Terrat S., Peyretaillade E., Gonçalves O., Dugat-Bony E., Gravelat F., Mone A., Biderre-Petit C., Boucher D., Troquet J. and Peyret P. Studying the ‘unknown’ with Metabolic Design, a new software tool to design probes for explorative functional DNA microarray development. BMC Bioinformatics, 11, 478-494 (IF : 3.510).
• 2008 : Militon C, Biderre C, Peyret P. New tools for isolation and identification of micro-organisms. Asiatech Publishers, Inc., New Delhi, pp 3-44.
• 2008 : Biderre C, Belkorchia A, Militon C, Polonais V, Wincker P, Jubin C, Delbac F, Peyretaillade E, Peyret P. The microsporidian pathogen Brachiola algerae shows efficient infectious capacities and harbours a complex genome. Parasitol. Int., 57(1):62-71.
• 2008 : Larmande P, Gay C, Lorieux M, Périn C, Bouniol M, Droc G, Sallaud C, Perez P, Barnola I, Biderre-Petit C, Martin J, Morel JB, Johnson AA, Bourgis F, Ghesquière A, Ruiz M, Courtois B, Guiderdoni E.. Oryza Tag Line, a phenotypic mutant database for the Genoplante rice insertion line library. Nucleic Acids Res., 36 (Database issue):D1022-7.
• 2007 : Militon C, Rimour S, Missaoui M, Biderre C, Barra V, Hill D, Moné A, Gagne G, Meier H, Peyretaillade E, Peyret P. PhylArray : Phylogenetic Probe Design Algorithm For MicroArray. Bioinformatics, 23(19):2550-7.
• 2007 : Cao X, Costa LM., Biderre-Petit C., Kbhaya B., Dey N., Perez P., McCarty DR., Gutierrez-Marcos JF., Becraft PW. Abscisic acid and stress signals induce viviparous1 (vp1) expression in maize embryos and phloem cells. Plant Physiology, DOI:10.1104/pp.106.091454.
• 2004 : Gutierrez – Marcos JF, Costa LM, Biderre–Petit C, Khbaya B, Perez P and Dickinson HG. Meg1 is a novel maize endosperm transfer cell-specific gene with a maternal parent-of-origin pattern of expression. Plant Cell, 16, 1288-1301.
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• 2003 : Bontems F, le Floch P, Duffieux F, Biderre C, Peyret P, Lallemand JY. Homology modeling and calculation of the cobalt cluster charges of the Encephazlitozoon cuniculi methionine aminopeptidase, a potential target for drug design. Biophysical Chemistry, 105(1), 29-43.
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