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ITRF

M. Damien COURTINE

Ingénieur biologiste en traitement de données (Bio-informaticien)
Laboratoire Microorganismes : Génome Environnement

Coordonnées

Université Clermont Auvergne - LMGE Campus Universitaire des Cézeaux 1 impasse A. Murat TSA 60026 - CS 60026 63178 AUBIERE Cedex

053

Tél
+33 4 73 40 51 56
Mail
damien.courtine@uca.fr
Site internet
orcid.org/0000-0002-9162-0111

Discipline(s)

BIOLOGIE, INFORMATIQUE SCIENTIFIQUE

Discipline(s) enseignée(s)

Depuis 2024, je participe à la formation des étudiants du master de bioinformatique de l'université Clermont Auvergne, dans l'UE du semestre 2 Algorithmes bioinformatiques. Je réalise environ 15h de présence devant les étudiants, entre cours magistral, travaux dirigés et pratiques. Je leur fais découvrir les algorithmes d'alignement des lectures courtes, et leur fait coder pas-à-pas, en Python, une version simplifiée d'un alignement exact par la méthode de la transformée de Burrow-Wheeler.

 

Thèmes de recherche

Je suis membre de deux équipes de recherches, MEB et IHP:
 
Équipe MEB

Je travaille principalement sur les communautés de microorganismes des lacs, via des approches de métagénomique, métatranscriptomique et métabarcoding. Le projet qui occupe la majorité de mon temps vise à identifier et documenter les petits eucaryotes, généralement unicellulaires, présent dans le lac Pavin. Pour cela j'utilise des données de séquençage d'ADN. Les prélèvements ont été réalisé à différentes période d'une année, proche de la surface et à 60m de fond. L'étape d'assemblage des données à permis d'obtenir des génomes environnementaux (MAG).
Mon activité actuelle consiter à identifier les MAG le plus précisément possible (taxonomie), étudier leur cycle de présence au cours de l'année dans le lac, et également les chercher des lacs à travers le globle afin d'avoir une idée de leur dispersion.

L'ANR d'équipe en cours (2025-2029) va permettre de générer des données de métabarcoding, de métatranscriptomique et de collecter des données environnementales associées. Mon défi sera de réaliser une intergration multiple de ces données.  

Équipe IHP

J'ai différentes missions au sein de cette équipe. Mon projet initial se focalisait sur le développement d'un outil pour l'identification de petits gènes dans les génomes des microsporidies, un parasite eucaryote unicellulaire obligatoire.
J'interviens également dans l'analyse de données RNAseq, principalement pour étudier la réponse transcriptonnelle d'un hôte face à un stresseur (parasite, insecticide) ou un mélange.
 

Activités / CV


La liste des travaux auxquels j'ai participé est disponible dans l'archive ouverte HAL.
 
Formation
  • Doctorat, mention Microbiologie, Université de Bretagne Occidentale, Brest, 2017. Génomique comparative d'isolats phytlogénétiquement
    proches appartenant au genre Thermococcus, une archée hyperthermophile.
  • Master Bio-informatique, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand, 2014
  • Licence Biologie, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand, 2012
  • DUT filière Génie Biologie, Université d’Auvergne, Clermont-Ferrand, 2011
Expériences professionnelles
  • Ingénieur biologiste en traitement de données, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Clermont-Ferrand, 12/2021– actuel
    Analyse de données de communautés microbiennes issues de séquençage à haut débit ; développement d’outil d’analyse de génome ; support technique en lien avec les méthodes de séquençage.
    J'ai eu un CDD d'un an puis passé le concours de la fonction publique pour une prise de fonction en décembre 2022.
  • Post-doctorat, Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy, Marseille, 2019 – 2021
    Analyse globale et locale des séquences génomiques en vue de mieux comprendre la virulence d'un champignon; Analyse de données de séquençage long-read (Oxford Nanopore)
  • Doctorat, Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (ex BEEP), Brest, 2014 – 2017
    Écologie et adaptations des microorganismes par des approches bio-informatique
Compétences

Bio-informatique

  • Assemblage, annotation de génomes
  • Génomique comparative et pan-génome
  • Meta-génomique, meta-barcoding, transcriptomique et méta-transcriptomique
  • Phylogénie
  • Aide au design expérimental pour exploiter aux mieux les données générées

Informatique

  • Systèmes Linux/UNIX et dérivés
  • Travail sur serveur et cluster de calcul (SLURM)
  • Suivi de version et développement logiciel avec git
  • Chaîne de traitement SnakeMake
  • Création et utilisation de conteneur Docker, Singularity
  • Langages utilisés : Python; R; BASH


 



 

Corps

Ingénieur d'études