Publié le 13 janvier 2025 - Mis à jour le 16 janvier 2025
Sarah DONNADIEU
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sarah.donnadieu@uca.fr
Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement 1 Impasse Amélie Murat 63170 Aubière
Thèmes de recherche
Sujet de thèse: Etude de l'impact de la dé-oxygénation des milieux d'eau douce sur la structure et les activités métaboliques des communautés microbiennes en lien avec l'émission de gaz à effet de serre
Résumé du projet de thèse: Le sujet de thèse s’inscrit dans un projet ANR d’équipe (PRME) intitulé DIAMOND pour : « Diversity and metabolIc Adaptation of Microorganisms in increasing OxygeN Depleted freshwaters». La thèse vise à mieux comprendre les effets de la dé-oxygénation des milieux lacustres sur la structuration et les activités métaboliques des procaryotes (bactéries et archées), pour mieux anticiper les répercussions possibles sur le fonctionnement des lacs dans un contexte de changements globaux et notamment, sur l’émission de gaz à effet de serre. Le modèle d'étude pour cette thèse sera le lac Aydat, situé dans le Massif Central (France), car instrumenté et suivi depuis plusieurs années. L’hypothèse de départ est que la déplétion des lacs en O2 augmente l’émission de gaz à effet de serre (GES).
La distribution des communautés microbiennes dans le temps et l'espace joue un rôle crucial dans la compréhension des processus biologiques impliqués dans la production et la consommation de GES dans les environnements aquatiques. Cependant, les recherches portant sur la diversité et la variabilité des populations de bactéries et archées (les principaux producteurs et consommateurs de GES) dans la colonne d'eau du lac Aydat sont limitées. L'objectif sera donc d'analyser la dynamique spatio-temporelle des bactéries et archées (taxons et gènes) qui contribuent à la production de GES et suivre la production de gaz (CH4, CO2, N2O) dans la colonne d'eau et à la surface des sédiments de ce lac. Cette étude sera réalisée à la fois par des approches in-situ (metabarcoding, métatranscriptomique, analyses physico-chimiques, etc..) et ex-situ (développement d’un dispositif expérimental mimant la colonne d’eau et des périodes de dé-oxygénation). Les résultats qui en découleront permettront de proposer une image complète et précise des groupes microbiens potentiellement impliqués dans les voies liées aux GES, et de leurs schémas de cooccurrence, ainsi que de leur changement de structuration en fonction de conditions contrastées en termes de quantité d’O2 dissous.
Résumé du projet de thèse: Le sujet de thèse s’inscrit dans un projet ANR d’équipe (PRME) intitulé DIAMOND pour : « Diversity and metabolIc Adaptation of Microorganisms in increasing OxygeN Depleted freshwaters». La thèse vise à mieux comprendre les effets de la dé-oxygénation des milieux lacustres sur la structuration et les activités métaboliques des procaryotes (bactéries et archées), pour mieux anticiper les répercussions possibles sur le fonctionnement des lacs dans un contexte de changements globaux et notamment, sur l’émission de gaz à effet de serre. Le modèle d'étude pour cette thèse sera le lac Aydat, situé dans le Massif Central (France), car instrumenté et suivi depuis plusieurs années. L’hypothèse de départ est que la déplétion des lacs en O2 augmente l’émission de gaz à effet de serre (GES).
La distribution des communautés microbiennes dans le temps et l'espace joue un rôle crucial dans la compréhension des processus biologiques impliqués dans la production et la consommation de GES dans les environnements aquatiques. Cependant, les recherches portant sur la diversité et la variabilité des populations de bactéries et archées (les principaux producteurs et consommateurs de GES) dans la colonne d'eau du lac Aydat sont limitées. L'objectif sera donc d'analyser la dynamique spatio-temporelle des bactéries et archées (taxons et gènes) qui contribuent à la production de GES et suivre la production de gaz (CH4, CO2, N2O) dans la colonne d'eau et à la surface des sédiments de ce lac. Cette étude sera réalisée à la fois par des approches in-situ (metabarcoding, métatranscriptomique, analyses physico-chimiques, etc..) et ex-situ (développement d’un dispositif expérimental mimant la colonne d’eau et des périodes de dé-oxygénation). Les résultats qui en découleront permettront de proposer une image complète et précise des groupes microbiens potentiellement impliqués dans les voies liées aux GES, et de leurs schémas de cooccurrence, ainsi que de leur changement de structuration en fonction de conditions contrastées en termes de quantité d’O2 dissous.
Disciplines enseignées
BIOLOGIE