GENERAL SCIENTIFIC FRAMEWORK:

The homeostasis and resilience of aquatic ecosystems reside, in particular, in the ability of microbial communities to adapt to the selective pressures exerted to different time and space scales by biotic (e.g. parasitism) and / or abiotic drivers (eg: global change, seasonal fluctuation). Through what processes do the lifestyles and functional adaptations of microbial communities enable the resilience of an aquatic ecosystem ? Is it possible to anticipate and predict the different states of equilibrium of an ecosystem for different scales of time and space ? Building on the team's previous achievements and the expertise of all members, the originality and ambition of our research project are to provide new knowledge by deciphering, for different spatial and temporal scales, in aquatic ecosystems, the role of (i) parasitism, (ii) metabolic and functional diversity and (iii) metabolic flexibility and versatility in the general framework of understanding and predicting the dynamic properties of an ecosystem in terms of homeostasis (stability), resistance and resilience. In addition, to understand the dynamics of an ecosystem, knowledge of the biodiversity composing it is essential, so we will continue (iv) to study the existence of atypical viable forms (e.g. femtoplankton nanobes) as well as adaptation and  evolution of LIFE in extreme environments (eg: radioactive mineral springs).

Systems studied, models and methodological approaches:

Our studies mainly concern freshwater ecosystems but we will not exclude any system (eg: ocean, hypersaline environments, mineral springs, soil) if their relevance to answer scientific questions is proven. Thus, our individual and team expertise is called upon in the study of different biomes within the framework of local, national and international collaborations. The main biological models studied are: viruses and other femtoplankton (nanobes), archaea, bacteria (bacteria), phototrophic bacteria, chytrids, pigmented picoeukaryotes and diatoms. The team will continue its evolution towards the use of "omics" approaches while not neglecting more "classic" approaches (culture, microscopic observations, flow cytometry, etc.).

CADRE SCIENTIFIQUE GENERAL:

L’homéostasie et la résilience des écosystèmes aquatiques résident, notamment, dans la capacité des communautés microbiennes à s’adapter aux pressions sélectives exercées, à différentes échelles de temps et d’espace, par des facteurs déterminants biotiques (ex.: parasitisme) et/ou abiotiques (ex. : changement global, fluctuation saisonnière)1,2. Par quels processus les modes de vie et les adaptations fonctionnelles des communautés microbiennes permettent la résilience d’un écosystème aquatique ? Est-il possible d’anticiper et de prédire les différents états d’équilibre d’un écosystème à différentes échelles de temps et d’espace ? Forts des acquis antérieurs de l’équipe et de l’expertise de l’ensemble des membres, l’originalité et l’ambition de notre projet de recherche sont d’apporter des connaissances nouvelles en décryptant, à différentes échelles spatiales et temporelles, dans des écosystèmes aquatiques, le rôle (i) du parasitisme, (ii) de la diversité métabolique et fonctionnelle et (iii) de la flexibilité et de la versatilité métaboliques dans le cadre général de la compréhension et de la prédiction des propriétés dynamiques d’un écosystème en termes d’homéostasie (stabilité), de résistance et de résilience. De plus, pour appréhender la dynamique d’un écosystème, la connaissance de la biodiversité composant celui-ci est essentielle, ainsi nous continuerons (iv) d’étudier l’existence de formes viables atypiques (ex. nanobes femtoplanctoniques) ainsi que l’adaptation et l’évolution de la vie dans des milieux extrêmes (ex. : sources minérales radioactives).

Systèmes étudiés, modèles et approches méthodologiques:

Nos études concernent principalement des écosystèmes d’eau douce mais nous n’exclurons aucun système (ex. : océan, milieux hypersalins, sources minérales, sol) si leur pertinence pour répondre aux questions scientifiques.posées est avérée. Ainsi, nos expertises individuelles et en tant qu’équipe sont sollicitées dans l’étude de différents biomes dans le cadre de collaborations locales, nationales et internationales. Les modèles biologiques principaux étudiés sont : les virus et les autres femtoplanctons (nanobes), les archaea, les bactéries (bacteria), les bactéries phototrophes, les chytrides, les picoeucaryotes pigmentés et les diatomées. L’équipe poursuivra son évolution vers l’utilisation d’approches "omics" tout en ne négligeant pas les approches plus "classiques (culture, observations microscopiques, cytométrie en flux,…).